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當麻（戶田惠梨香 飾）與瀨文（加瀨亮 飾）等人聚在總部，苦苦思索著下一步，而外面殘忍屠戮案件四起。看著四周一片悲慘與渾沌，憤怒的當麻再也無法抑制體內被封印的SPEC。她狂亂現身於「御前會議」，於此同時災難相繼在各地爆發，法蒂瑪第三預言不可避免地實現了。瀨文、當麻以及他們的夥伴，成為左右歷史走向的關鍵人物。這一場戰爭究竟是時代的結局，抑或是新的開始…？...

激昂慘烈的地盤鬥爭之後，最強的不良集團「無限」與「雨宮兄弟」雙雙從江湖銷聲匿跡。後起之秀「山王聯合會」、「白色流氓」「鬼邪高校」「粗魯男孩」「達磨一家」成為新興強權，他們所管領的龐大區域被稱為「SWORD地區」，為了爭奪霸主地位，五大派系日夜鬥爭不休，直到一位傳說中的男人重返戰火之地，也帶來了完全不同的氣息……...

經過在某寺院的短期休養後，瀨文重回未詳。其時市內發生神秘案件，SPEC持有者覺在鬧市中被槍殺，行兇者擁有瞬間移動的能力，未詳受命調查。由於一十一的SPEC等同可以瞬間移動，而在追捕地居聖時，雙目失明的瀨文似乎感到一十一曾出現，加上一十一的屍體又被人帶走，所以懷疑事件與一十一有關，但當麻卻堅稱一十一已死，二人遂生芥蒂。在保護槍殺案生還者久遠望時，兇手再次出現帶走久遠，當麻懷疑事件背後與一眾SPEC持有者有關。追查下得知原來眾多SPEC持有者已被當局祕密關押，而更震驚的是兇手竟突然於關押處出現，當麻...

《SPEC》的的第2部電視劇特別篇《SPEC〜零〜》於2013年10月23日秋季在TBS電視台播出。其劇情在播出前曾以漫畫形式出版，故事情節大致相同，唯在漫畫版中，將當麻召入警視廳的是柴田純而非近藤昭男。故事講述當麻失去左手、以及瀨文加入未詳之前的故事，是整個系列的開端，也是結局篇的引子。...

瀨文（加瀨亮 飾）在經過與當麻的弟弟（神木隆之介 飾）惡戰之後，身受重傷，險些喪命。於此同時，各國政要齊聚一堂秘密商討「簡單計畫」的會議上，一位日本代表突然宣布他將以自身性命代表SPEC持有者正式向人類宣戰。瀨文得知消息急急出院，與當麻（戶田惠梨香 飾）一同展開調查行動，另外一批組原則動員追查簡單計畫病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登場，殘酷的殺戮更是從未停止，慘烈浩大的人種戰爭即將拉開序幕……...

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